フレックスタイム制の有給休暇の扱いは？労働時間の計算方法について

始業と終業の時刻を自分で決める働き方でも、家族の行事などで丸一日休みたい日はあります。

ところが、フレックスタイム制で有給休暇を取った日を何時間として数えるのかは、制度の説明だけでは分かりにくいところです。

総労働時間に足りるのか、残業代はどう変わるのかといった疑問は、従業員からも担当者からも寄せられます。

半日や時間単位で休みたいという声への対応も、会社で決めておく必要があります。

フレックスタイム制のもとで有給休暇を正しく扱うために、計算の考え方から就業規則の定め方まで順に確かめていきます。

フレックスタイム制の有給休暇の扱いは？

フレックスタイム制の有給休暇は、付与日数や付与の要件は通常の労働時間制と同じで、取得した日は労使協定で定めた「標準となる1日の労働時間」を働いたものとして扱います。

付与日数と付与の要件は、通常の労働時間制と同じ

フレックスタイム制で働く従業員にも、通常の労働時間制と同じく、労働基準法第39条の年次有給休暇が付与されます。

雇入れの日から6か月間継続して勤務し、全労働日の8割以上出勤していれば10日が付与され、その後は勤続年数に応じて1年ごとに日数が増えていきます。

勤続年数	付与日数
6か月	10日
1年6か月	11日
2年6か月	12日
3年6か月	14日
4年6か月	16日
5年6か月	18日
6年6か月以上	20日

週の所定労働日数が4日以下で、週の所定労働時間が30時間未満の従業員には、所定労働日数に応じた日数が比例付与されます。

フレックスタイム制だからといって、付与日数が減ったり、付与の要件が変わったりすることはありません。

取得日は「標準となる1日の労働時間」働いたものとして扱う

フレックスタイム制では日々の労働時間を従業員が決めるため、有給休暇を取った日を何時間として扱うかを、あらかじめ決めておく必要があります。

そのために使うのが、労使協定で定める「標準となる1日の労働時間」です（労働基準法施行規則第12条の3）。

有給休暇を取った日は、この標準となる1日の労働時間を働いたものとして、清算期間の労働時間に加えます。

たとえば、標準となる1日の労働時間を8時間と定めていれば、有給休暇を1日取るごとに8時間を加えます。

有給休暇の日の賃金

有給休暇の日の賃金は、就業規則などの定めに従い、平均賃金、所定労働時間を働いた場合に支払われる通常の賃金、健康保険の標準報酬日額（労使協定が必要）のいずれかで支払います（労働基準法第39条第9項）。

通常の賃金で支払う場合、フレックスタイム制では、標準となる1日の労働時間を働いた場合の賃金を支払います。

月給制で、有給休暇を取っても月給を差し引かない運用であれば、有給休暇の日の賃金は月給に含まれていることになります。

このように、フレックスタイム制の有給休暇は、付与日数や付与の要件は通常の労働時間制と同じで、取得した日は労使協定で定めた「標準となる1日の労働時間」を働いたものとして扱います。

次は、フレックスタイム制の有給休暇と、総労働時間・残業代の計算を解説します。

フレックスタイム制の有給休暇と、総労働時間・残業代の計算

フレックスタイム制の有給休暇の時間は、所定の総労働時間に足りているかの判定には加えますが、時間外労働の割増賃金が必要かどうかは、有給休暇の時間を除いた実際の労働時間で判定します。

不足時間は、実際の労働時間に有給の時間を加えて判定する

清算期間の労働時間が所定の総労働時間に足りているかどうかは、実際に働いた時間に、有給休暇の時間を加えて判定します。

31日の月に所定の総労働時間を168時間とし、標準となる1日の労働時間を8時間と定めている場合の例は、以下の通りです。

項目	時間
実際の労働時間	152時間
有給休暇（2日×8時間）	16時間
合計	168時間
所定の総労働時間	168時間
不足時間	0時間

有給休暇の時間を加えずに計算すると、16時間の不足として賃金を控除してしまうことになり、有給休暇を取ったことで賃金が減るという誤った結果になります。

時間外労働の割増は、実際に働いた時間で判定する

時間外労働は実際に働いた時間について生じるものなので、割増賃金が必要かどうかは、有給休暇の時間を除いた実際の労働時間が、法定労働時間の総枠を超えたかどうかで判定します。

同じく31日の月（総枠177.1時間）で、所定の総労働時間を168時間とした場合の例は、以下の通りです。

項目	例1	例2
実際の労働時間	170時間	180時間
有給休暇	16時間	16時間
合計	186時間	196時間
割増が必要な時間外労働（実際の労働時間−177.1時間）	0時間	2.9時間
所定を超えたが割増が不要な時間	18時間	25.1時間

例1では、有給休暇を含めた合計は総枠を超えていますが、実際の労働時間は170時間で総枠を超えていないため、割増賃金の対象になる時間外労働はありません。

有給を含めて所定を超えた分の扱い

有給休暇の時間を含めて所定の総労働時間を超えた時間のうち、割増の対象にならない時間は、所定を超えて法定の総枠までの時間と同じく、法定内の時間として扱います。

法律上の割増賃金は不要ですが、この時間の賃金をどう支払うかは、賃金規程で定めておく必要があります。

有給休暇を取った月に所定を超えたとしても、有給休暇を労働日に取得している以上、有給休暇の買取にはあたりません。

このように、フレックスタイム制の有給休暇の時間は、所定の総労働時間に足りているかの判定には加えますが、時間外労働の割増賃金が必要かどうかは、有給休暇の時間を除いた実際の労働時間で判定します。

次は、フレックスタイム制で有給休暇を取るときによくある疑問を解説します。

フレックスタイム制で有給休暇を取るときによくある疑問

フレックスタイム制でも、会社の定めがあれば半日単位や時間単位で有給休暇を取ることができますが、不足時間を会社が一方的に有給休暇で埋めることや、勤務しなかった日を本人の請求なしに有給休暇として扱うことはできません。

半日単位・時間単位の有給は取れる？

半日単位の有給休暇は、法律上の義務ではありませんが、会社が就業規則などで定めていれば、フレックスタイム制でも取得できます。

時間単位の有給休暇は、労使協定を結ぶことで、1年に5日分を上限として取得できるようになります（労働基準法第39条第4項）。

時間単位で取得する場合の1日分の時間数は、1日の所定労働時間数をもとに定め、1時間に満たない端数は1時間に切り上げます。

フレックスタイム制では、標準となる1日の労働時間をもとに、1日分を何時間とするかを定めます。

不足時間を後から有給で埋められる？

有給休暇は、従業員が時季を指定して請求することで取得するものなので、清算期間の終わりに不足時間が出たからといって、会社が一方的に有給休暇を充てることはできません。

従業員本人の申し出によって、勤務しなかった日を後から有給休暇に振り替えることを認めるかどうかは、会社の定めによります。

認める場合は、申し出の期限や対象となる日を就業規則に定め、運用をそろえておく必要があります。

勤務しなかった日を、会社が有給として扱える？

フレックスタイム制で、コアタイムのない労働日に従業員が勤務しなかった場合でも、本人が請求していない限り、会社がその日を有給休暇として処理することはできません。

フレックスタイム制は出退勤の時刻を従業員に委ねる制度で、労働日に働かなくてよいという制度ではないため、勤務しなかった日は勤怠上は欠勤として扱われます。

ただし、清算期間の総労働時間を満たしていれば、その日に勤務しなかったことを理由に賃金を差し引くことはできません。

このように、フレックスタイム制でも、会社の定めがあれば半日単位や時間単位で有給休暇を取ることができますが、不足時間を会社が一方的に有給休暇で埋めることや、勤務しなかった日を本人の請求なしに有給休暇として扱うことはできません。

次は、フレックスタイム制の有給休暇の付与と、年5日の取得義務を解説します。

フレックスタイム制の有給休暇の付与と、年5日の取得義務

フレックスタイム制の有給休暇も、全労働日の8割以上の出勤を要件として付与され、年10日以上付与される従業員には年5日を取得させる義務と、有給休暇管理簿の作成・保存の義務があります。

出勤率8割の判定と全労働日

有給休暇の付与の要件である出勤率は、全労働日のうち出勤した日の割合で判定します。

全労働日とは、就業規則などで労働義務がある日として定められた日のことで、フレックスタイム制でも、どの日が労働日かを定めておく必要があります。

有給休暇を取った日は、出勤率の計算では出勤したものとして扱います（労働基準法第39条第10項）。

労働日に勤務しなかった日は欠勤として扱われるため、欠勤が多い場合は8割の要件を満たさないことがあります。

年5日の取得義務

年10日以上の有給休暇が付与される従業員には、付与した日から1年以内に5日を取得させなければなりません（労働基準法第39条第7項）。

従業員が自分で取得した日数や、計画的付与で取得した日数は、5日に含めることができます。

5日に満たない場合は、会社が従業員の意見を聞いたうえで時季を指定して取得させる必要があり、取得させなかった場合は30万円以下の罰金の対象になります（労働基準法第120条）。

フレックスタイム制の従業員は日々の勤務を自分で調整できる分、有給休暇の取得が後回しになりやすいため、付与日からの取得日数を確認しておく必要があります。

有給休暇管理簿の作成と保存

会社は、従業員ごとに、有給休暇を取得した時季、日数、付与した基準日を記載した有給休暇管理簿を作成しなければなりません（労働基準法施行規則第24条の7）。

有給休暇管理簿は5年間（当分の間は3年間）保存する必要があり、フレックスタイム制の従業員も対象です。

このように、フレックスタイム制の有給休暇も、全労働日の8割以上の出勤を要件として付与され、年10日以上付与される従業員には年5日を取得させる義務と、有給休暇管理簿の作成・保存の義務があります。

次は、フレックスタイム制の有給休暇について、就業規則・労使協定に定めておくことを解説します。

フレックスタイム制の有給休暇について、就業規則・労使協定に定めておくこと

フレックスタイム制の有給休暇を正しく扱うには、標準となる1日の労働時間、半日単位・時間単位の有給の時間数、不足時間や所定超過と有給休暇の関係を、就業規則や労使協定に定めておくことが大切です。

標準となる1日の労働時間

標準となる1日の労働時間は、フレックスタイム制の労使協定で必ず定める事項の1つです。

有給休暇を取った日の時間数や賃金の計算のもとになるため、清算期間の所定の総労働時間を所定労働日数で割った時間など、実態に合った時間を定めます。

半日単位・時間単位の有給の時間数

半日単位の有給休暇を認める場合は、半日を何時間として扱うかを就業規則に定めておきます。

時間単位の有給休暇を認める場合は、労使協定で、対象となる従業員の範囲、取得できる日数（5日以内）、1日分の時間数などを定めます。

コアタイムを設けている場合は、コアタイムにかかる時間に半日単位や時間単位の有給休暇を使えるかどうかも、あわせて決めておくと運用で迷いません。

不足時間・所定超過と有給の関係

有給休暇の時間を不足時間の判定に含めること、有給休暇を含めて所定を超えた時間の賃金の支払い方を、賃金規程に定めておきます。

勤務しなかった日を本人の申し出で後から有給休暇に振り替えることを認めるかどうか、認める場合の期限も、就業規則に定めておく必要があります。

これらを定めずに運用すると、担当者によって計算が変わり、未払いや過払いの原因になります。

このように、フレックスタイム制の有給休暇を正しく扱うには、標準となる1日の労働時間、半日単位・時間単位の有給の時間数、不足時間や所定超過と有給休暇の関係を、就業規則や労使協定に定めておくことが大切です。

次は、フレックスタイム制の有給休暇を管理できる勤怠クラウドを紹介します。

フレックスタイム制の有給休暇を管理するなら勤怠クラウド

フレックスタイム制の有給休暇を管理するなら、休暇の申請と承認から残日数の差し引き、年5日の取得義務の確認までを1つのシステムで行える勤怠クラウドがおすすめです。

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休暇の申請・承認と、残日数の自動差し引き

従業員がシステムから休暇を申請し、管理者が承認すると、有給休暇の残日数から自動で差し引かれます。

残日数は付与した日ごとに管理され、有効期限の早い付与分から順に消化されるため、時効で消える日数を減らせます。

有休残日数と取得日数をタイムカード画面で確認

管理者のタイムカード画面では、従業員ごとに、その月の実働時間や時間外とあわせて、有給休暇の取得日数と残日数を確認できます。

フレックスタイム制の従業員は、法定労働時間の総枠（40時間×暦日数÷7）を超えた時間外労働が自動で集計され、日ごとの8時間超では判定しません。

年5日の取得義務に向けた未達アラート

年5日の取得義務を満たしていない従業員がいる場合は、アラートで管理者に知らせます。

このアラートは無効にできない設定になっているため、確認漏れによる取得義務違反を防げます。

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